办理减免税的流程是企业先到项目主管部门（外经贸）申领《国家鼓励发展的内外资项目确认书》，凭确认书到海关办理减免税手续。因涉及企业、设备指标等信息，仅提供税号无法确定是否可减免税。另，自2009年1月1日起，减免税仅免关税，增值税照征。
减免税项目备案审批流程办理:
（一）业务流程
1、申请单位提供减免税备案所需单证。
2、申请单位填写《征免税证明申请表》，并到预录中心预录。
3、申请单位持所需单证及预录表提交海关备案初审。
4、海关进行三级审批。
（二）项目备案所需单证：
申请备案的企、事业单位业均要提交手填并加盖企业公章的《减免税备案申请表》、预录打印出的《减免税备案申请表》和海关制发、并经申请单位签章确认的《法规摘要》；不同项目性质的企、事业单位备案还应提供下列单据（以下复印件均需校验原件）：
1、外商(包括台港澳侨)投资企业
（1）《外商投资企业资产登记手册》
（2）《国家鼓励发展的内外资项目确认书》（正本）
（3）经项目审批部门签章确认的《进口设备清单》（正本）；
（4）外商或台港澳侨投资企业批准证书（复印件）；
（5）营业执照（复印件）；
（6）有关部门对可行性研究报告、章程的批复或项目的核准文件（正本）；
（7）企业章程、《项目申请报告》（复印件）或可行性研究报告（复印件）；
（8）外商以现汇投资的外资项目，提供《验资报告》（复印件）；外商以设备投资的外资项目，提供保证在一定时间补交《验资报告》的保证函；
注：对外商以设备投资的外资项目，应根据外商投资企业合同章程或出资协议中有关资金认缴条款及时补交《验资报告》。
（9）海关制发、并经申请单位签章确认的《法规摘要》 （详见附件3）；
（10）海关认为需要提供的其他单证。
2、国内投资项目
（1）《国家鼓励发展的内外资项目确认书》（正本）
（2）经项目审批部门签章确认的《进口设备清单》（正本）；
（3）营业执照或其他法人登记证明（复印件）；
（机关法人可以组织机构代码证代法人登记证明）
（4）《项目确认书》注明的项目单位非独立法人的，应提供其上级、具有独立法人资格单位出具的承担相关法律责任的承诺书、有关问题的说明及授权书，授权书内容应包括授权的海关事务范围、授权期限及项目单位使用印章的样式等；
（5）实行审批制的项目，提供项目的可行性研究报告（复印件）及有关部门对项目的批准文件（正本）；
实行核准制的项目，提供项目申请报告（复印件）及有关部门对项目的核准文件（正本）；
实行备案制的项目提供《项目备案表》（复印件）及有关部门对项目的备案回执（正本）；
（6）海关制发、并经申请单位签章确认的《法规摘要》；
（7）海关认为需要提供的其他单证。
3 、贷款项目
（1）《国家鼓励发展的内外资项目确认书》（正本）
(1998年1月1日前项目提供 “贷款证明书”正本)
（2）营业执照或其他法人登记证明（复印件）
（3）项目可行性研究报告（复印件）
（4）有关主管部门对项目可行性研究报告的批复（正本）
（5）地方审批、核准或备案的国外贷款项目，提交国家发展改革委对项目资金申请报告的批复文件（复印件）；
（6）海关制发、并经申请单位签章确认的《法规摘要》；
（7）海关认为需要提供的其他单证
4、自有资金项目
（1）《外商投资企业资产登记手册》
（2）外商投资企业进口设备更新技术及配件证明》或《技术改造确认登记证明》 (正本)
（3）外商投资企业批准证书（复印件）
（4）五类企业的资质证明文件；
注：鼓励类和限制乙类外商投资企业，由项目审批部门在《外商投资企业进口设备更新技术及配件证明》或《技术改造确认登记证明》注明适用的鼓励项目条目；外商投资研究开发中心，外商投资研究开发中心的批准文件；先进技术型企业，外经贸部门出具的《外商投资先进技术企业证书》（有效期内）；产品出口型外商投资企业，外经贸部门出具的、有效期内的《外商投资产品出口企业确认证书》。
（5）营业执照（复印件）
（6）海关制发、并经申请单位签章确认的《法规摘要》；
（7）海关认为需要的其他单证
5 、科教用品
（1）《科研教学单位免税进口物品登记手册》
（2）高等学校、高等职业学校提供教育部或省级人民政府批准设立的文件（复印件）；
（3）科学研究机构提供主管部门批准成立的文件、同级科技主管部门认定该单位为科研机构的有关文件，其中省、计划单列市设立的厅局级科研机构另需提供国家机构编制主管部门批准设立的文件（复印件）；
（4）科技开发机构提供国务院有关部门的核定文件；
（5）事业单位需提供事业单位法人证书（复印件），企业法人性质的科学研究机构、学校、科技开发机构需提供营业执照（复印件），已转制为企业法人性质的科学研究机构、学校、科技开发机构需提供营业执照及相关批准文件（复印件）；
注：军事科研机构免予提供《事业单位法人证书》。
（6）关于设备产权的说明，明确免税进口设备产权归属科学研究机构、学校、科技开发机构，免税设备直接用于科学研究、教学或科技开发；
（7）关于科教用品资金支付、账务处理的说明，明确购买设备的经费由科研机构、学校、科技开发机构对外支付，在财务上设立科教用品固定资产明细账户；
（8）医学类院校、专业和医药类科学研究机构需将免税进口的医疗检测、分析仪器放置于附属医院使用的，应提供附属医院的事业单位法人登记证书、资质证明文件，并对减免税设备进行统一登记管理；
注：各关应对医学类院校的附属医院分别建立减免税项目档案，并分别录入征免税管理系统，一份减免税项目备案仅对应一所附属医院。
（9）海关制发、并经申请单位签章确认的《法规摘要》；
（10）海关认为需要提供的其他单证
6、远洋渔业
（1）营业执照（复印件）
（2）远洋渔业企业资格证书（复印件）
（3）农业部批准从事远洋捕捞生产的批件（复印件）
（4）拥有远洋捕捞船舶的数量、船名、船号、吨位情况报告及企业印章印模、法人代表或委托人的印章印模（正本）
（5）海关制发、并经申请单位签章确认的《法规摘要》；
（6）海关认为需要提供的其他单证
7、国批减免（仅限于种用动植物）
（1）农业部出具的《中华人民共和国农业部动植物苗种进（出）口审批表》或国家林业局出具的《国家林业局种子苗木进口审批表》（正本）或中华人民共和国濒危物种进出口办公室出具的《非盈利性野生动植物进口审批表》（正本）。
（2）海关认为需要提供的其他单证。
8、保税区项目：
（1）营业执照或其他法人登记证明（复印件）；
（2）房屋产权证明或房屋租赁协议（复印件）；
（3）企业章程；
（4）外商投资企业：《外商投资企业资产登记手册》、外商投资企业批准证书（复印件）、可行性研究报告（复印件）或《项目申请报告》（复印件）、有关部门对可行性研究报告、章程的批复或项目的核准文件（正本）；
（5）以现汇投资的项目，提供《验资报告》（复印件）；以设备投资的项目，提供保证在一定时间补交《验资报告》的保证函；
注：对以设备投资的项目，应根据章程或出资协议中有关资金认缴条款及时补交《验资报告》。
（6）海关制发、并经申请人签字确认的《法规摘要》；
（7）海关认为需要的其他文件和单证。
（三）工作时限
企业提供的单证齐全、正确有效后，经海关审核符合国家政策规定起3个工作日内办结。
二、征免税证明审批
（一）业务流程
1、申请单位提交《征免税证明》所需单证。
2、申请单位填写《征免税证明申请表》，并到预录中心预录。
3、申请单位持所需单据及预录表，提交海关初审。
4．海关进行三级审批。
5、打印并签发《征免税证明》。
（二）《征免税证明》所需单证：
申请办理征、免税设备的企、事业单位业均要提交手填并加盖企业公章的《进出口货物征免税申请表》；预录入打印出的《进出口货物征免税申请表》；不同项目性质的企、事业单位备案还应提供下列单据：
1、合同或INVOICE（复印件）；
注：远洋渔业以《远洋渔业企业运回自捕水产品申报单》（第一联）代INVOICE。
2、代理（委托）进口协议（复印件）；
3、进口设备清单（复印件）；
4、进口设备技术资料；
5、《外商投资企业资产登记手册》（仅外商投资企业提交）；
6、《科研教学单位免税进口物品登记手册》（仅科教用品提交）；
7、科研项目介绍，包括科研项目的名称、负责人、基本内容、进口设备与项目的关系等信息（仅科教用品项目提供）；
8、自捕水产品运输“全程提单”复印件；
9、海关制发、并经申请单位签章确认的《法规摘要》（无项目备案的提交）；
10、《内资不予免税商品目录》列名商品，相关技术指标如未在合同或技术协议中列名，国外供货商、减免税申请人关于技术指标的确认资料，承诺其技术指标申报无讹。
11、海关认为需要提供的其他单证。
（三）工作时限
企业提供的单证齐全、正确、有效后，经海关审核符合国家政策规定起3个工作日内办结。需上报总关审批的，自各关上报起3个工作日办结。
三、减免税后续管理审批
自2009年11月1日起，青岛关区享受减免税政策优惠的单位（以下简称减免税申请人）向海关申请办理下列减免税后续管理事项，应通过电子口岸进行预录入，并同时向海关递交相关纸面申请单证：
（一）减免税货物结转；
（二）减免税货物异地监管；
（三）减免税货物贷款抵押；
（四）减免税货物解除监管；
（五）减免税货物退运；
（六）减免税货物税款担保；
（七）减免税货物后续补税；
（八）减免税单位主体变更；
（九）减免税货物年报管理。
